Ἡ ἐσωτερικὴ διεύθυνση τῆς Σχολῆς εἶναι ἀνατεθειμένη στὸ διευθυντή της, ὁ ὁποῖος ὀνομάζεται Σχολάρχης. Ὁ Σχολάρχης φέρει τὸ ἀξίωμα τουλάχιστον τοῦ ἀρχιμανδρίτη, συνήθως ὅμως τοῦ ἐπισκόπου ἢ τοῦ μητροπολίτη. Εἶναι ταυτόχρονα ὁ ἡγούμενος τῆς μονῆς καὶ τῆς ἀδελφότητας καὶ διατελεῖ πρόεδρος τοῦ συλλόγου τῶν καθηγητῶν.
Ὡς συνεργάτες στὸ ἔργο του ἔχει τοὺς καθηγητές, τὸν πνευματικό, τὸν ἐφημέριο (ἢ τοὺς ἐφημέριους), τὸν ἐπιστάτη ἢ ἐπιμελητὴ τῶν μαθητῶν, τὸν βιβλιοφύλακα, τὸν γραμματέα τῆς διεύθυνσης, τὸν οἰκονόμο καὶ τὸ λοιπὸ προσωπικό. Σχολάρχης διορίζεται συνήθως ἕνας ἀπὸ τοὺς ἄγαμους κληρικούς, ἀπὸ τὰ μέλη τοῦ συλλόγου τῶν καθηγητῶν.
Ἀκολουθεῖ ἕνας κατάλογος τῶν σχολαρχῶν (τῶν μόνιμων καὶ ὄχι τῶν προσωρινῶν):
-
Σταυρουπόλεως Κωνσταντῖνος Τυπάλδος, 1844-1864.
-
Πρεσλάβας Ἄνθιμος Μιχαήλ ἢ Μιχαήλωφ (διευθυντής), α. 1863-1864, β. 1865-1867.
-
Ἀρχιμανδρίτης Νικηφόρος Γλυκᾶς, 1864-1865.
-
Ἀρχιμανδρίτης Γερμανός Γρηγορᾶς, α. 1865-1869, β. 1877-1898.
-
Πρωθιερέας Σπυρίδων Βρετός, 1869-1870.
-
Ἀγχιάλου Βασίλειος Ἀστερίου, α. προσωρινῶς, 1870-1872, β. 1873-1876.
-
Ἀρχιμανδρίτης Γρηγόριος Φωτεινός, 1872-1873.
-
Σταυρουπόλεως Ἀπόστολος Χριστοδούλου, 1898-1906.
-
Πρῴην Μελενίκου Εἰρηναῖος Παντολέοντος, 1906-1907.
-
Σελευκείας Γερμανὸς Στρηνόπουλος, 1907-1922.
-
Ἀρχιμανδρίτης Μελέτιος Λουκάκης, 1923-1924.
-
Σταυρουπόλεως Ἰωακεὶμ Πελεκᾶνος, 1924-1931.
-
Τραχείας Ἀλέξανδρος Ζῶτος, γιὰ ἕνα μῆνα περίπου, 1932.
-
Φιλαδελφείας Αἰμιλιανός Παπαδημητρίου, 1932-1942.
-
Νεοκαισαρείας Χρυσόστομος Κορωναῖος, 1942-1950.
-
Ἐμμανουήλ Φωτιάδης, 1950-1951.
-
Ἰκονίου Ἰάκωβος Στεφανίδης, 1951-1955.
-
Σταυρουπόλεως Μάξιμος Ρεπανέλλης, 1955-1971/1991.
- Θεοδωρουπόλεως Γερμανός Ἀθανασιάδης, 1991-1995
- Μητροπολίτης Γέρων Δέρκων Ἀπόστολος Δανιηλίδης, 1995-2011