Ἡ Σχολὴ τῆς Χάλκης στὴν πράξη λειτουργοῦσε ὡς μία μοναστικὴ ἀδελφότητα ἐγκατεστημένη μέσα στὴ γαλήνη τῆς φύσης καὶ μακριὰ ἀπὸ τὸ θόρυβο τῆς κοινωνίας. Ἡ ἀδελφότητα αὐτὴ ζοῦσε μία ζωὴ ἔντονα ἀκαδημαϊκή, ἐκκλησιαστικὴ καὶ λειτουργικὴ (λατρευτική) κατὰ τὰ πρότυπα τῶν ἀρχαίων ἐκκλησιαστικῶν καὶ θεολογικῶν σχολῶν τῆς ἀνατολῆς, τῆς Ἀλεξάνδρειας, τῆς Ἀντιόχειας, τῆς Κωνσταντινουπόλεως καὶ ἄλλων.
Στὴ Σχολὴ οἱ ἱεροσπουδαστὲς προετοιμάζονταν καὶ καταρτίζονταν στὴ θεολογικὴ ἐπιστήμη καὶ τὴν ἐκκλησιαστικὴ τάξη, μαθαίνοντας τὸ σεβασμὸ πρὸς τὴν ἱστορία καὶ τὴν παράδοση τῆς ὀρθόδοξης ἀνατολικῆς Ἐκκλησίας καὶ τὴν ἀγάπη πρὸς τοὺς χριστιανοὺς ἀδελφοὺς καὶ πρὸς ὅλους ἀνεξαιρέτως τοὺς ἀνθρώπους. Ἡ Σχολὴ ὑπηρέτησε καὶ ἀντιμετώπισε τὶς ἀνάγκες τοῦ Οἰκουμενικοῦ Πατριαρχείου καὶ ἄλλων ἀδελφῶν Ἐκκλησιῶν σὲ καταρτισμένους ἐπιστημονικὰ κληρικούς. Ἀκόμη, ἀνέπτυσσε τὴν οὐσία καὶ τὰ βιώματα τῆς Ὀρθοδοξίας στοὺς μὴ ὀρθόδοξους μαθητές της.
Ἀλλὰ καὶ ἡ θεολογικὴ ἐπιστήμη ἐκαλλιεργεῖτο συνεχῶς καὶ τακτικὰ μὲ ὅλα τὰ μέσα στὴ Σχολή. Ἐὰν ἡ σημερινὴ ὀρθόδοξη θεολογία ἀποβλέπει στὴν ἀποκάθαρσή της ἀπὸ παρείσακτα στοιχεῖα κατὰ τὴ διάρκεια τῶν χρόνων μετὰ τὴν Ἅλωση, στὴν ἀποκατάσταση τοῦ πνεύματός της μέσα ἀπὸ τὴν πατερικὴ θεολογία καὶ στὴν παρακολούθηση τῆς προόδου ποὺ γίνεται στὴ θεολογία, τότε στὰ ἴδια ἀπέβλεπε καὶ ἡ Σχολὴ τῆς Χάλκης.
Ἐὰν ἡ τοποθέτησή της μακριὰ ἀπὸ τὴν κοινωνία καὶ ἀπὸ τὰ πανεπιστημιακὰ κέντρα θεωρεῖται μειονέκτημα ἀπὸ μερικούς, αὐτὸ θεραπεύεται ἀπὸ τὸ συντηρητικὸ καὶ ταυτόχρονα φιλοπρόοδο πνεῦμα ποὺ διέπει τὴν Ὀρθοδοξία, ἀπὸ τὸν ἐπιστημονικὸ καταρτισμὸ τῶν καθηγητῶν στὰ πανεπιστήμια, τῶν ξένων μαθητῶν ποὺ φοιτοῦν σὲ αὐτήν, τῶν ἐπισκεπτῶν καθηγητῶν καὶ φοιτητῶν ἀπὸ ἄλλες χῶρες. Θεραπεύεται, ὅμως, καὶ ἀπὸ τὴ Βιβλιοθήκης της, ἀπὸ τὴ γειτνίαση μὲ μία δεκάδα πανεπιστημίων τῆς Πόλης καί, κυρίως, τοῦ οἰκουμενικοῦ χαρακτήρα τῆς Σχολῆς, ἡ ὁποία εἶναι ἵδρυμα καὶ κατεξοχὴν φορέας τῆς οἰκουμενικότητας τῆς Ἐκκλησίας τῆς Κωνσταντινουπόλεως.