Ἡ Ἱερὰ Μονὴ τῆς Ἁγίας Τριάδος ἐξ ἀρχῆς ἦταν καὶ παρέμεινε κανονικῶς ὑπαγόμενη ὑπὸ τὴν δικαιοδοσία τοῦ Οἰκουμενικοῦ Πατριάρχη. Ὁ Ἱερὸς Φώτιος, ἐφ’ ὅσον θεωρεῖται ἀρρήκτως συνδεδεμένος πρὸς τὸ ἱερὸ τοῦτο σκήνωμα καὶ ὑπῆρξε ὁπωσδήποτε ὁ πρῶτος ἀνιδρυτής του, εὐνόητο εἶναι ὅτι οὐδέποτε θὰ ἐπευλογοῦσε μία κατάσταση συνδέσεως τῆς Μονῆς ἔξω τῆς ἄμεσης δικαιοδοσίας του. Γι’ αὐτόν, ἑπομένως, τὸ λόγο εἶναι σίγουρο ὅτι ἡ Μονὴ ἦταν ἀπὸ τὴν ἀρχὴ Σταυροπήγιο.
Ἀπόδειξη ἀποτελεῖ, ἐπιπλέον, τὸ γεγονὸς τῆς ἀναφορᾶς τοῦ Πατριάρχου Νικολάου, σὲ σχετικὴν πράξη του, ὅπου ἐπιδαψιλεύει μὲ σαφήνεια στὴ Μονὴ τὴν τιμὴ αὐτή. Πότε, ὅμως, ἀκριβῶς ἔγινε αὐτὸ εἶναι ἄγνωστο, διότι ἡ ὡς ἄνω πληροφορία παρέχεται ἀχρονολόγητη. Πατριάρχες δὲ ὑπὸ τὸ ὄνομα Νικόλαος ὑπῆρξαν τέσσερεις:
-
ὁ Μυστικὸς ( 895 – 906 τὸ α’ καὶ 911 – 925 τὸ β’)
-
ὁ Χρυσοβέργης (984 – 995)
-
ὁ Γραμματικὸς (1084 – 1111) καὶ
-
ὁ Μουζάλων (1147 – 1151).
Παρὰ ταῦτα, τυγχάνει σαφές καὶ ἐπιμεμαρτυρημένο ὅτι ἡ Μονὴ ἀπὸ τοῦ Θ’ αἰῶνος ὑπῆρξε Σταυροπήγιο τοῦ Οἰκουμενικοῦ Θρόνου. Τὸ ἔτος 1569 Μητροφάνης ὁ Γ’ «ἀνανεῶσαι τὴν Σταυροπηγιακὴν τιμὴν καὶ ἀξίαν οὐκ ὤκνησεν ἐπὶ τῶν ἡμερῶν αὐτοῦ διὰ Πατριαρχικοῦ Συνοδικοῦ Γράμματος» καὶ «ἔκτοτε ἐν διαστήματι διακοσίων χρόνων πρὸς τοὺς δώδεκα οὐδέποτε φαίνεται ὑπαχθῆναι τὸ Ἱερὸν τοῦτο μοναστήριον εἰς ὑποταγὴν ἑτέρου τινὸς θρόνου, εἰμὴ τοῦ καθ’ ἡμᾶς τούτου ἁγιωτάτου πατριαρχικοῦ τε καὶ οἰκουμενικοῦ μέχρι καὶ τῆς σήμερον».
Κατὰ μῆνα Ἰούνιο τοῦ ἔτους 1781 ὁ Πατριάρχης Γαβριὴλ ὁ Δ’, λαβὼν ὑπ’ ὄψιν παράκληση τοῦ ἡγουμένου Σαμουήλ, «ἀνανεῶσαι τὴν Σταυροπηγιακὴν ἀξίαν καὶ χάριν τῆς εἰρημένης Μονῆς» ἀπεφάσισε συνοδικῶς ὅπως τοῦτο «εἴη καὶ λέγεται καὶ παρὰ πάντων γνωρίζεται ἡμέτερον Πατριαρχικὸν Σταυροπηγιακὸν… μηδενὶ ἑτέρῳ ὑποκείμενον, εἰ μὴ τῷ καθ’ ἡμᾶς ἀποστολικῷ πατριαρχικῷ καὶ οἰκουμενικῷ τούτῳ θρόνῳ καὶ ὑπ’ αὐτοῦ διοικούμενον, διεξαγόμενόν τε καὶ διακυβερνώμενον… μνημονευομένου ἐν αὐτῷ τοῦ κανονικοῦ Πατριαρχικοῦ ὀνόματος ἐν πάσαις ταῖς ἱεραῖς τελεταῖς καὶ ἀκολουθίαις, ὡς νενόμισται».
Τὸν Ἰούλιο τοῦ 1843, γιὰ τετάρτη φορά, ὁ Πατριάρχης Γερμανὸς ὁ Δ’, αἰσθάνθηκε τὴν ἀνάγκη τῆς ἀνανεώσεως καὶ ἐπικυρώσεως τῆς Σταυροπηγιακῆς ἀξίας καὶ χάριτος τῆς Μονῆς. Ἀπεφασίσθη καὶ ὁρίσθηκε συνοδικῶς «ὅπως ὑπάρχῃ καὶ λέγηται καὶ παρὰ πάντων γινώσκηται ἡμέτερον Πατριαρχικὸν Σταυροπηγιακὸν… καὶ μηδενὶ ἄλλῳ ὑποκείμενον εἰ μὴ τῷ καθ’ ἡμᾶς ἀποστολικῷ πατριαρχικῷ καὶ οἰκουμενικῷ θρόνῳ καὶ ὑπ’ αὐτοῦ μόνον διοικούμενον καὶ διεξαγόμενον μνημονευομένου ἐν αὐτῷ ἀεννάως καὶ τοῦ πατριαρχικοῦ ὀνόματος…». Ἐπιγραφὴ σὲ πλάκα διαιωνίζουσα τὴν πράξη αὐτή, ποὺ ἰσχύει μέχρι σήμερα, ἐντειχίσθηκε ἐπὶ τοῦ δυτικοῦ μέρους τῆς νοτίας πλευρᾶς τοῦ ναοῦ τῆς Ἱερᾶς Μονῆς: «Σταυροπήγιον Πατριαρχικὸν, ἁγιασθὲν ἐπ’ ὀνόματι τῆς ἁγίας καὶ ὁμοουσίου καὶ ἀδιαιρέτου Τριάδος, ἐν τῇ θεοσώστῳ νήσῳ Χάλκῃ, ἐν τῇ Ἐπαρχίᾳ τοῦ ἁγίου Χαλκηδόνος, τῷ ἰδίῳ θελήματι, παρὰ Γερμανοῦ τοῦ Δ’ τοῦ Παναγιωτάτου καὶ Οἰκουμενικοῦ Πατριάρχου, ἐπὶ τῆς βασιλείας Σουλτὰν Ἀπτοὺλ Μετζίτ, ἐν ἔτει ᾳωμδ’ μηνὸς Μαΐου πρώτη, ἡμέρᾳ τῆς ἑβδομάδος Δευτέρᾳ».