Ἡ Σχολὴ τῆς Χάλκης, ἡ ὁποία εἶναι ἵδρυμα τοῦ Οἰκουμενικοῦ Πατριαρχείου, ὑπάγεται ἀμέσως στὴν κανονικὴ καὶ διοικητικὴ δικαιοδοσία τοῦ ἑκάστοτε Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως καὶ τῆς περὶ αὐτὸν Ἁγίας καὶ Ἱερᾶς Συνόδου. Γιὰ τὶς ὑποθέσεις, ὅμως, τῆς Σχολῆς ἔχει συσταθεῖ μία ἰδιαίτερη συνοδικὴ ἐπιτροπὴ ἀπὸ ἀρχιερεῖς, ἡ ὁποία καὶ ὀνομάζεται «Ἐφορία τῆς Ἱερᾶς Θεολογικῆς Σχολῆς τῆς Χάλκης», καὶ μετὰ τὸ 1971, «Ἐφορία Ἱερᾶς Μονῆς Ἁγίας Τριάδος Χάλκης», μὲ δικό της γραφεῖο στὸ Πατριαρχεῖο καὶ μὲ ἀναφορὰ πάντοτε στὸν Πατριάρχη, τὸν φυσικὸ πρόεδρο τῆς Ἁγίας καὶ Ἱερᾶς Συνόδου.
Ἡ Ἐφορία ἐνδιαφέρεται γιὰ τὴν κατάρτιση τοῦ προϋπολογισμοῦ, τὴν ἐξασφάλιση τῶν οἰκονομικῶν πόρων, τὸν διορισμὸ τοῦ διδακτικοῦ καὶ λοιποῦ προσωπικοῦ, τὴν πρόσληψη καὶ τὴν πρόσκληση τῶν μαθητῶν καὶ τὴ γενικότερη ἐποπτεία τῆς Σχολῆς. Ἡ οἰκονομικὴ συντήρηση τῆς Σχολῆς ἐξασφαλίζεται ἀπὸ τὶς ἐτήσιες συνεισφορὲς τοῦ Οἰκουμενικοῦ Πατριαρχείου, τῆς Ἱεραρχίας, ἄλλων κληρικῶν καὶ ἱερῶν μονῶν‧ τελευταῖα καλύπτεται ἀπὸ τὸ Οἰκουμενικὸ Πατριαρχεῖο.
Ἡ Ἐφορεία σήμερα ἀποτελεῖται ἀπὸ τοὺς ἑξῆς Μητροπολῖτες:
Γέροντα Δέρκων κ. Ἀπόστολο, Πρόεδρο,
Τρανουπόλεως κ. Γερμανό,
Πριγκιποννήσων κ. Ἰάκωβο, καὶ
Μύρων κ. Χρυσόστομο.
Γραμματεῖς: οἱ Πανοσιολ. Διάκονος κ. Παΐσιος Κοκκινάκης, Κωδικογράφος τῆς Ἁγίας καὶ Ἱερᾶς Συνόδου, καὶ κ. Γεώργιος Νάνης.